電子顯微鏡的放大倍數最高可達近百萬倍（約300萬倍左右，當然隧道顯微鏡就不同了，300000000倍左右。）、由照明系統、成像系統、真空系統、記錄系統、電源系統5部分構成，如果細分的話：主體部分是電子透鏡和顯像記錄系統，由置于真空中的電子槍、聚光鏡、物樣室、物鏡、衍射鏡、中間鏡、投影鏡、熒光屏和照相機。

理論上而言，成像分辨率取決于工作物質波長，電子的波長取決于其速度，速度取決于其加速電場的強度，場強取決于電壓，如果電壓足夠猛，分辨率就可以足夠高，就有足夠高的有效放大倍數了。當然前提是機器受得了。

電子顯微鏡的放大倍數比光學顯微鏡的倍數大是因為電鏡的放大倍數比光學顯微鏡更大是因為其德布羅意波長短。相比較傳統用的是可見光的光學顯微鏡，電子顯微鏡用的是高頻電子射波，在放大倍數上更強，觀察效果更清晰。這也很多高校實驗室來博越儀器采購電子顯微鏡的原因所在。

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