臺式掃描電子顯微鏡的優勢為可以直接觀察非常粗糙的樣品表面，參差起伏的材料原始斷口。但其劣勢為樣品必須在真空環境下觀察，因此對樣品有一些特殊要求,籠統的講：干燥,無油,導電。具體的掃描電子顯微鏡的操作流程如下：

首先，放樣品，再調整樣品的位置：長按鼠標中鍵即顯示指向箭頭，向上拖動箭頭升高樣品臺至10mm處， 點擊屏幕抽真空，待真空度滿足要求后點擊Beam on 加高壓打電子束至樣品表面，這時就可以進行觀察，v模式選擇：SE(二次電子)和BSE(背散射電子)是掃描電鏡成像的基礎信號，掃描電鏡提供二次電子(SE)和背散射電子(BSE)兩種模式供使用者選擇，二者區別是：二次電子能量低，主要反映試樣表面厚度為50~100?的形貌特征，背散射電子比二次電子能量高，分辨率差，背散射電子的信號強度隨原子序數的增大而增強，背散射電子反映試樣表面50-200nm深度的試樣的成分分布形貌，使用者在選擇時可以根據樣品特征選擇適合的拍照模式。

其次，在進行調焦：使用鼠標右鍵在高倍下調焦，調焦過程中先大幅度調節確定調整方向，然后微調獲得最清晰的像；改善圖片質量：可以通過點擊Stigmator進行色散校正，Beam shift進行光束漂移校正以及調對比度和亮度獲得符合要求的照片；拍照：點擊Image Acqusition進行拍照，低倍下看全貌，高倍下看細節，拍照時可以設置拍照時間，建議低倍下可以快速拍，高倍下拍照速度過快會影響圖片質量，將照片命名好并保存在自己想要的位置；zui后就是取樣，點擊屏幕放氣后取樣，取樣后點擊PUMP抽真空至<10-3Pa保證樣品室處于真空狀態。

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